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# Creiación de Mapa de Colores dinamico desde un archivo shp propio    #
#                       Autor: ZoRrO                                   #
# Licencia: GPLv3 https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.txt             #
#                     Fecha: 16/03/2020                                # 
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###Libreiras a usar #####
library(rgdal) #readOGR para leer archivos shp
library(tidyverse) # para manipulacion de las bases de datos
################### MAPA GENERAL####
dirmapas <- "/home/zorro/Documentos/TEMP/mapas"    #selecionar rirectorio
setwd(dirmapas)                                    #cambiar directorio de trabajo
mexico <- readOGR("muni_2016cw.shp",layer="muni_2016cw") #abrir los archivos shp para manipularlos, creando un objeto S4, del mapa de México, con divición estatal y municipal
##### Modificar/Seleccionar partes relevantes del mapa ####
chiapas <- subset(mexico, CVE_ENT == "07" ) # Selecionar solo el estado deseado
##### Municipios a Borrar ####
mun <- c("Suchiate","Tonalá","Altamirano","Tapalapa","La Trinitaria","Villaflores",
         "Nicolás Ruíz","Chicoasén","Cintalapa","Jiquipilas","Amatenango del Valle",
         "Tenejapa","Ocotepec","Mapastepec","Chalchihuitán","Bejucal de Ocampo","Teopisca",
         "Rayón","San Andrés Duraznal","Mazapa de Madero","Berriozábal","Chiapilla","Ixtapangajoya",
         "Pijijiapan","La Independencia","Zinacantán","Totolapa","Bella Vista","Angel Albino Corzo",
         "Copainalá","Maravilla Tenejapa","El Porvenir","Mazatán","Jitotol","Chamula","Tapilula","Aldama",
         "Ostuacán","Tuxtla Chico","Ixhuatán","Montecristo de Guerrero","Huitiupán","Acala",
         "Motozintla","Santiago el Pinar","Pantelhó","Sunuapa","Chenalhó","Amatenango de la Frontera",
         "Escuintla","San Juan Cancuc","Larráinzar","La Concordia","San Cristóbal de las Casas",
         "San Fernando","San Lucas","Simojovel","Huixtán","Unión Juárez","Mitontic","Pueblo Nuevo Solistahuacá",
         "Ixtapa","Reforma","Tapachula","Juárez","Acacoyagua","Arriaga","Las Margaritas","El Bosque",
         "Ocozocoautla de Espinosa","Francisco León","Tuxtla Gutiérrez","Las Rosas","Bochil","Comitán de Domínguez",
         "Siltepec","Socoltenango","Villa Corzo","Tecpatán","Amatán","Soyaló","Metapa","Chicomuselo","Cacahoatán","Suchiapa",
         "Ixtacomitán","Coapilla","Acapetahua","Tapilula,Aldama","Tuzantán","Pantepec","Villa Comaltitlán",
         "Frontera Comalapa","Osumacinta","Chapultenango","Frontera Hidalgo","Tzimol","La Grandeza",
         "Sitalá","Chanal","Huehuetán","Huixtla","Chiapa de Corzo","Solosuchiapa","Pichucalco","Pueblo Nuevo Solistahuacán")
####formular para borar los municipios del estado seleciona con el vector previamente hecho ####
i = 0 # Declaramos un marcador
while (i != length(mun)) {
  i <- i+1 #el marcador ira aumentado con cada vuelta del ciclo
  chiapas <- chiapas[chiapas$NOM_MUN != mun[i],] #se sobre escribe la base tipo poligonos borrando cada uno de los municipios dentro del vector
}
writeOGR(chiapas, dirmapas, "Mapa.RegionVI", driver="ESRI Shapefile") #Escribir solo el estado de Chiapas en un archivo shp

mapa <- "/home/zorro/Documentos/TEMP/mapas/Mapa.RegionVI.js" #Direcion del mapa en formato JSON
data <- jsonlite::fromJSON(mapa, simplifyVector = FALSE) #extrar la infomarción de json en una BD
casos2 <- read.csv("/home/zorro/Documentos/TEMP/Municipios.csv", head=TRUE) #se abre el archivo que contiene los casos por municipio de la region
Casos2 <- data.frame(casos %>% group_by(MUNICIPIO)%>% tally())#Base de datos con los casos por municipio
colnames(Casos2) <- c("NOM_MUN","Casos") #Renombrar las columnas de la nueva base de datos
highchart() %>% 
  hc_title(text = "Casos de Dengue en Region VI \"Selva\"",
           align = "center", style = list(color = "#000000", fontWeight = "bold")) %>% 
  hc_subtitle(text = "Fuente: HGP - Epidemiología") %>% 
  hc_add_series_map(map=data, df=Casos2, name = "Dengue",
                    value = "Casos", joinBy = "NOM_MUN",
                    dataLabels = list(enabled = TRUE,
                                      format = '{point.NOM_MUN}'),
                    borderColor = "#0EAD82", borderWidth = 0.1,
                    tooltip = list(valueSuffix = " casos")) %>% 
  hc_colorAxis(minColor = "#F57779", maxColor = "#360001")%>%
  hc_mapNavigation(enabled = TRUE)